以前からGoogle社はJavascriptを認識できると発言しておりました。
しかしながら、そうと思えない結果が続いていた時期もあったのは事実です。

現在では、クロール時にレンダリングの描画も行え、そのソース（html）も読み込んだJavascriptから出力されたhtmlを表示しております。
※モバイルフレンドリーテストなど

このためGoogleに認識されていないという点において、心配はないかと存じます。
ただし昨今リンクジュースは有効ではなく、ユーザーの行動が重要になりますので、いかに押されやすいイメージを作りその先の顧客へのブランディングができるかでも変わると存じます。